故事之初，正是接续一代的情节：令狐冲和任盈盈在黑木崖战胜了东方不败。经过艰苦的战斗后，我们的主角本想离开纷乱的武林，求得一丝安宁，不想是天不遂人愿。两人刚刚步下黑木崖，迎面就遇见了君子剑岳不群。两师徒一见面便大动干戈。岳不群口口声声称令狐冲为叛贼、与魔教妖女相勾结，而不听令狐冲的任何解释，且说到一半，突然拔剑刺向令狐冲。为救心上人，任盈盈飞身替令狐冲挡了一剑，而自己身受重伤。见此情景，令狐冲终于抛下往日的师徒之情，与岳不群大打出手。这是这个游戏里的第一次作战，大家可以借此机会熟悉一下战斗系统。战斗并不难，故一般可轻松搞定。打败岳不群后，令狐冲发现盈盈伤势不轻，但两人都不想折回黑木崖。不得已，令狐冲决定前往恒山派，求定闲师太用天香断续膏为盈盈医治。
离开黑木崖，经过一座小桥，来到一块新地图。因天色已晚，且盈盈重伤在身，两人决定找家客栈歇息。正好不远处有一家云来客栈，两人便进得客栈，订了房间。在休息的晚上，令狐冲梦见了恩师风清扬。老人家向令狐冲详细讲述了剑宗对敌时的策略，也就是介绍了本游戏的战斗系统。经过一夜的休息，两人正要继续赶路，却在门口遇到了嵩山派的大阴阳手乐厚。这无耻之徒听闻令狐冲被逐出师门，竟想落井下石，消灭令狐冲。岂能容这等小人嚣张，令狐冲提剑而上。这是游戏的第二场情节战，敌人有三个人，且乐厚还是有些能耐的，但仍是敌不过令狐冲。却不想这厮战败之后竟令下人纵火烧店。四周一下子陷入火海，正门又被堵，令任两人只得另找出路。先在一楼东北角的屋内找到一把斧子，然后到楼上，在最西边的房间内发生情节。这里出现游戏的第一个小游戏--斧子砍窗户。游戏的方法大体如下：首先4扇窗子中将有一扇是发光的，对应左上的四色槽，让光标停在对应窗户的槽内。而后在右边的光标和右边槽内刻度线重合时点中，左下的损耗槽就会上升，时限之内损耗槽到头这个小游戏就完成了，难度可是不低哦，不过还是难不倒我们令狐大侠的，成功劈开窗户后，两人跳出客栈，躲过了一劫。 离开焚毁的客栈，两人继续前往恒山。往地图的北方走，就会到达恒山脚下。一进恒山，入口处遇到一小贩，可以考虑在这里买些药品。以后这样的商人还有不少，且有卖武功秘笈的，故玩家需要随时留意一下。一直往地图的坐上走便可到达恒山本院。进得大厅，见到了定闲、定逸、定静几位师太。两人说明了欲求灵药治病的来意，听过之后定闲师太本是同意，但有人坚决反对，称盈盈为魔教中人，正邪势不两立。争执中，盈盈伤发昏了过去。人命关天，定闲决定救人为先，也气走了一直反对的定逸。商议妥当，两人正要往厢房歇息，却突然有人来报魔教来袭，定静遇险。众人立刻出去迎战。在战斗之中，令狐冲发现对方使的是嵩山派的武功，而并非真正魔教中人。将其打败，剥下伪装后，发现居然又是乐厚这个无耻之徒。原来嵩山掌门左冷禅企图吞并五派，建立五岳剑派，而恒山掌门定闲深明大义，不愿五岳合并，故而招来嵩山派的报复。最后定闲放走了乐厚，但是定静师太却不幸逝世。 了却定静后事，定闲师太开始救治盈盈。经过一番看察，师太说要想医好盈盈，只有天香断续膏还不够，还要寻四味圣药：延年草、金桐树之叶、紫花地丁、千年辛夷。正巧这四味药在药山上就可以采到，令狐冲便决定前往药山。不过去药山之前不要忘了到各个屋子搜罗一番，其中有重要的《移形换位》秘笈，对情节发展必不可少。在恒山通元道的西北方向可以找到药山入口。药山是游戏的第一个迷宫，这里就要开始使用角色的技能了。技能系统是笑傲江湖的一大卖点。通过菜单中的书册选项，对武功秘笈进行研读，而后还需要通过战斗积累经验，才能让角色学会各种各样的技能，最后还要应用这些技能打开迷宫之中的各种机关。本迷宫需要的是轻功和潜水。首先要通过《移形换位》秘笈练习轻功。轻功的作用是跳过悬崖，轻功级别越高就可以跳过越高的悬崖。当令狐冲练成轻功2级之后，就可到药山二层跳过一个2级悬崖拿到《龟息大法》书册，通过这本书册的技能可以让令狐冲潜入水中。为了完全走通药山拿到四圣药，需要龟息2级的技能，所以大家还是继续辛苦练功吧。等到主角可以完全把握龟息2级的功夫之后，就可以细细的探索药山了，其中还需要到三层拿到斧子再到右上角的大树旁使用，这样就可以集齐四圣药。