这是一个黑暗的时代，世界被克隆人所统治，人类的生存受到了严重的威胁。爱好和平的人们组成了人类抵抗军，为了推翻克隆人的残暴统治而战斗。我是一名人类的特工，因多次出色的完成任务，被视为人类抵抗事业的希望。受压迫的人们叫我“自由之鹰”，其实我的真名叫“丹”。我深知自己所肩负的重任。克隆人的力量是非常强大的，单凭个人的力量起不了什么作用。我需要强有力的朋友地帮助，才能最终实现这一伟大的目标。终于，这一天到来了……
那是一天的清晨，我在树林边的公路上背回来一个因车祸受伤的姑娘。经过一番抢救，她醒了过来，但因头部受到的撞击而失去了记忆。在她的身上也没有任何的证件，可供证明身份之用。看到她着急的样子，房东依露大婶连忙安慰她，叫她不要着急。并以长辈的身份将这个姑娘托付给我，让我务必保护她的安全，帮助她恢复记忆。我虽然不情愿，但目前这种情况，也只好这样。当务之急是替她先弄到一张身份卡，因为在这里，没有身份卡被克隆人发现是十分危险的。至于恢复记忆的事，看来只好到自由人类控制的城市——维勒城治疗了。为了便于称呼，依露大婶决定先叫她“罗莎”，那是她以前女儿的名字。看到一切都有了安排，罗莎高兴的笑了。
第二天，我和罗莎在依露大婶和她孙子艾比的目送下离开了山谷。第一个目的地是琼岛镇，到那里找我的朋友巴迪。他能为罗莎解决身份卡的问题。一路向西，走出了矿山，前面就是矿山大桥，而琼岛镇就位与大桥的北边。一路上还算顺利，只遇到几个克隆警察，没费什么力气就把他们打发了，还得到了不少的装备。慢慢地，我发现罗莎对于格斗技巧和武器的运用都有很高的天赋，而且受到过相当程度的技能训练。她到底是什么人呢？
在琼岛镇的酒吧里，我打听到一些消息，并且听说商店的老板在夜里做一些黑市武器交易。穿过镇中心的广场，在城区的另一边找到了巴迪的家。可是不巧，巴迪被镇长叫走了，明天才能回来。没办法，我们只好先在旅馆住下。
第二天，我和罗莎刚走进巴迪的家，就看到一向温和的巴迪凶狠的将妻子摔倒在墙角，嘴里发出类似野兽般的声音。当他发现我们的时候，便发狂地冲了过来……经过一番战斗，当我们将巴迪制服的时候，他也渐渐的清醒过来。但是对于刚才所发生的一切，巴迪却一无所知。然而，他的妻子再也醒不过来了。
为了查明巴迪发狂的真相，找出真正害死他妻子的凶手，我和罗莎来到了镇长家。原来是镇长在巴迪不知道的时候，给他服食了一种可以控制人类精神的药物。而巴迪发狂，完全是因为药物的副作用造成的。看着镇长那不可一世的样子，我已无法按耐心中的怒火。“你不配作为一个人类生存在这个世界上！”我一枪结果了这个长着丑恶嘴脸的家伙。对于那些从各个角落里跑来为镇长助威的克隆兵，自然一个都不能放过。正当我们继续搜寻残余的克隆人时，在一楼的房间里发现了一个秘密实验室。在这里，我们找到了为镇长提供药物的费拉斯——一个克隆博士。在我们的一再逼问下，费拉斯说出了真相：克隆人的统治者莫森，为了更好的控制和利用人类，在各地都设有类似的机构。试图研制出一种药物来控制人类的神经中枢和改变人类的遗传基因，从而更好的为统治者服务……听到这里，我们非常震惊。
费拉斯趁机激活了实验台上的两个生化人向我们冲来。为了不让更多的人成为实验的牺牲品，我和罗莎举起了手中的武器……
回到了巴迪家中，他已将罗莎的身份卡做好了。但是，我给他带来的却不是好消息。由于基因变异是无法阻止的，所以，对与巴迪的现状我无能为力。终于，出于对亡妻的强烈自责和无发忍受发狂时的痛苦，巴迪自杀了。也许这对于他是一种最好的解脱。
镇长被杀，琼岛镇一片大乱。克隆人在到处搜查凶手。我担心依露大婶和艾比的安全，赶快回到了矿山的小屋。但还是晚了一步，依露大婶为了保护我们，被前来搜查的克隆士兵打成了重伤。当我们解决掉克隆兵后，依露大婶已经不行了。临终前，她托付我们将艾比带到孤岛灯塔的海鲸老人那里。说完就撒手而去了。时间紧迫，我们立即出发。穿过琼岛镇，就找到了孤岛灯塔。